Die Ökoregion fasst Gebiete mit ähnlichen abiotischen Rahmenbedingungen zusammen, dies betrifft Faktoren wie Klima oder Höhenlage. Deutschland hat im Wesentlichen Anteil an 3 Ökoregionen: Alpen (Region 4), "zentrale Mittelgebirge" (Region 9), "zentrales Tiefland" (Region 14). Die Ökoregion bildet ein wichtiges Klassifizierungsmerkmal für die Abgrenzung von Fließgewässertypen.